La colmatación del fondo del río también favorece la descomposición

El azud del río disminuye la corriente provocando no sólo la colmatación (rellenar una depresión del terreno) de los fondos, sino, además la concentración de contaminantes y el recalentamiento del agua cuando los procesos de autodepuración son insuficientes. Esto puede provocar una disminución de la diversidad faunística y un riesgo potencial de brucefalosis, parasitosis de los peces.

La colmatación, según Zamora, junto con la contaminación son las principales afecciones de los grandes reservorios, además, la colmatación favorece la eutrofización. Esto obligará, en su opinión, a adoptar medidas correctoras, como el vaciado del azud, la retirada del vaso por sifonado, dragado o excavación en seco.